Modele anatomiczne czaszki odgrywają niebagatelną funkcję w edukacji medycznej, badaniach naukowych również w praktyce medycznej. Ich znaczenie wynika z potrzeby dokładnego poznania budowy czaszki, która jest jednym z znacznie złożonych elementów ludzkiego szkieletu. Modele anatomiczne umożliwiają one na istotne przestudiowanie układu kostnego, wzajemnych zależności między niektórymi składnikami czaszki również na odpowiedniejsze poznanie mechanizmów urazów, deformacji i wady. Modele anatomiczne czaszki są również szeroko wykorzystywane w stomatologii. Budowa czaszki ma decydujące znaczenie w ocenie oraz leczeniu schorzeń jamy ustnej, wad zgryzu czy problemów ortodontycznych. W ortodoncji modele anatomiczne czaszki pomagają w analizie struktury żuchwy i szczęki, co pomaga dokładne zaplanowanie leczenia aparatami ortodontycznymi. Nie bez znaczenia są również modele anatomiczne czaszki w medycynie sądowej i antropologii. Modele anatomiczne czaszki, które różnią się stopniem dokładności i surowcem wytworzenia. Jednym z niezwykle ważnych typów są zwykłe modele anatomiczne czaszki ludzkiej, przedstawiające podstawowe kości i ich powiązania. Modele anatomiczne tego typu są często wykorzystywane w edukacji również służą do nauki podstawowej anatomii czaszki. Inną kategorię stanowią modele anatomiczne czaszki z ruchomymi elementami, które umożliwiają na lepsze poznanie połączeń między kośćmi oraz procesów ich ruchu, co jest szczególnie pożądane w stomatologii i chirurgii szczękowej. W bardziej zaawansowane modele anatomiczne czaszki mogą być rozkładane na pojedyncze kości, co zezwala na precyzyjne zbadanie poszczególnych elementów. Dzięki temuż można zobaczyć, w jaki sposób poszczególne kości są ze sobą powiązane, jakie mają kształty i jakie struktury anatomiczne się na nich znajdują. Tego typu modele anatomiczne są bardzo przydatne w szkole anatomii i chirurgii, ponieważ umożliwiają dokładną analizę struktur niemożliwych do zarejestrowania w rzeczywistej czaszce. Drugim rodzajem są modele anatomiczne czaszki z zaznaczonymi strukturami anatomicznymi, które pomagają w edukacji szczegółowej anatomii. W takich modelach inne elementy czaszki są oznaczone barwami, co sprzyja ich identyfikację. Na przykład kości tworzące podstawę czaszki mogą być zaznaczone innym kolorem niż kości sklepienia, a kanały nerwowe i otwory mogą być wyróżnione w sposób pomagający ich zapamiętanie. Jest to zwłaszcza dobre dla studentów medycyny, jacy muszą pokonać trudną terminologię anatomiczną. Dla bardziej zaawansowanych użytkowników dostępne są modele anatomiczne czaszki z odwzorowanymi strukturami nerwowymi i naczyniowymi. Tego typu modele anatomiczne przedstawiają przebieg nerwów czaszkowych oraz naczyń krwionośnych, co jest wyjątkowo kluczowe w nauce neuroanatomii i neurochirurgii.
Dzięki nim można prześledzić ścieżki przebiegu nerwów, ich umieszczenie względem struktur kostnych i miejsca, w jakich mogą być one uciskane lub uszkadzane. Współczesna technika pozwala też na tworzenie modeli czaszki w technologii druku 3D. Modele anatomiczne te mogą być tworzone na podstawie rzeczywistych danych tomograficznych, co zezwala na odwzorowanie charakterystycznych cech anatomicznych pacjenta. Takie modele anatomiczne są szczególnie przydatne w planowaniu operacji chirurgicznych, ponieważ umożliwiają lekarzom wcześniejsze przećwiczenie procedur na określonym odwzorowaniu czaszki pacjenta. Technologia ta jest też stosowana w rekonstrukcji buzi w wypadkach urazów oraz deformacji wrodzonych.